建设高水平大学和一流学科。贯彻国家统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案，启动实施高水平大学建设工程，对进入国家“双一流”计划的高校予以支持，对具有综合优势的高校整体扶优扶强，确保我省在争创世界一流大学、高水平有特色大学和世界一流学科进程中走在全国前列。统筹组织实施优势学科建设工程、协同创新计划、特聘教授计划和品牌专业建设工程。力争到2020年，15所以上大学进入全国百强，100个左右学科进入基本科学指标数据库（ESI）全球同类学科前1%行列，其中5个以上学科进入前1‰行列。
　　优化高等教育布局结构。科学制定全省高等学校设置“十三五”规划，优化高等教育资源配置。以提高高等教育质量为核心，以深化办学体制改革为动力，以服务国家和区域经济社会发展需要为宗旨，以优化高等教育结构促进地方高校转型发展为主线，以优化存量与做优增量为重点，鼓励具备条件的普通本科高校向应用型转变，鼓励和支持民办、混合所有制、高水平中外合作办学高等教育发展。从严控制高等学校数量和增幅，做到“调结构、促转型、上水平”，进一步促进高等教育科学发展。
　　促进高等学校分类发展。出台《江苏高等教育分类发展、分类管理和分类评估指导意见》，对不同类型高等学校进行宏观引导、协调和服务，建立多样化、不同类型高校之间协调发展、特色发展、同类型高校之间竞争发展、争创一流的高等教育分类体系。
　　推进学科专业结构调整。坚持“存量结构优化为主”的原则，整合资源，控制总量。实施江苏高校优势学科建设工程和省重点学科建设项目，引导和支持高校优化学科结构，凝练学科方向，突出学科建设重点，创新学科组织模式，打造更多学科“高原”和“高峰”，带动高校发挥优势，办出特色。大力扶持优势明显、特色鲜明的专业，加强人才培养与国家战略的有效衔接，强化与战略性新兴产业紧密相关的学科专业建设，重点加强电子信息、新能源、新材料、新医药等领域的人才培养。打造重点和特色学科专业群。加强品牌专业建设，形成一批具有区域、行业优势，有特色、实力强、声誉高的品牌专业，建立跨地区、学校、院系和学科专业的合作机制，加大资源整合、集成共享，推动具有集群优势和共享机制的专业综合改革试点。健全专业预警、退出机制，引导高校进行专业调整。
　　优化人才培养结构。针对人才结构性短缺与过剩问题，依据产业发展对高层次人才的需求，积极争取国家政策支持，适当提高博士研究生规模，深化博士研究生培养模式改革。深入实施培养创新工程，不断提高研究生培养质量。加快发展专业硕士研究生教育。扩大应用型、技术技能型人才的培养规模。建立学分转换和积累体系，促进校际间流动，实行联合培养。促进人才培养结构与产业结构、经济结构、社会结构相适应，满足现代产业体系和公共服务体系多样化的人才需求。
　　优化区域布局结构。顺应国家“一带一路”，江苏沿海开发、苏南现代化建设示范区、长三角一体化发展的战略需要，科学合理调整高等学校布局设置。将存量本科资源配置优先向苏中、苏北倾斜，引导独立学院迁址苏北、苏中中心城市办学。大力推进苏北教育振兴计划，支持苏北中心城市组建特色鲜明的综合性大学或多科性大学，扩大苏北优质高等教育资源。发挥高水平大学的辐射作用，加大对苏北高校的对口支援力度。
　　提升民办高校发展水平。坚持把民办高等教育摆在全省教育发展的重要位置，大力扶持和引导社会力量兴办民办高等教育，建设一批社会认可、政府放心、百姓满意、优质特色的民办高校，满足人民群众多元化、多层次的教育需求，为建设具有江苏特色、时代特征的现代高等教育体系作出重要结构性支撑。推进民办高校分类发展，引导民办高校合理定位，促进不同民办高校在不同层次、不同领域各展所长、办出特色。促进民办高校规范发展，落实民办高校办学自主权，完善民办高校法人治理结构，规范民办高校办学行为。引导民办高校坚持公益性办学，开展非营利性民办高校示范校建设。推进独立学院规范科学发展，支持符合条件的独立学院转设为民办普通高等学校。
　　提升高校科研创新能力。深化高校科技改革，突破体制机制瓶颈，调整科研政策导向，改革科研组织方式，推进科研评价改革，充分激发各类科技人员创新活力和潜能。积极支持高校培养和引进高层次科技人才，培育若干优秀科技创新团队，集聚一批高层次科技领军人才。提升高校基础研究和前沿技术研究的原始创新能力，增强关键共性技术的有效供给能力，提高科研支撑高质量人才培养的能力。强化高校科技平台基地建设，建设一批国家重点实验室和国家工程（技术）研究中心，建设一批国家和省级大学科技园；推进国际科技创新平台建设，建设一批国际合作联合实验室，10个左右实验室进入教育部国际合作联合实验室立项建设序列。加快高校协同创新中心建设，推动国家级、省级、校级协同创新中心的科学定位和协调发展，形成“2011计划”分层实施体系，重点建设和培育10个左右国家“2011协同创新中心”、70个左右江苏高校协同创新中心和一批校级协同创新中心。
　　增强服务发展能力。服务创新驱动发展战略和供给侧结构性改革，发挥高校人才和科研优势，主动融入区域技术创新体系，支持高校与地方政府、行业企业共建产学研合作基地。大力推进校企联盟行动计划，支持高校与企业共建实验室、研发中心、产业研究院及中小企业服务平台等，推进产学研合作机制和模式转型升级，鼓励尝试产学研由松散式合作转向一体化、实体化，由契约式合作走向利益共同体。促进科研成果转化，建立科学合理的科技成果转化组织体系和政策机制，全面实施高校科技成果使用权、处置权和收益权改革。建立科技成果转化交易平台，支持高校建设成果转化与技术转移机构，鼓励高校科研人员到企业转化科技成果或开展联合攻关，支持高校科研人员创新创业。支持高校积极参与“一带一路”、长江经济带和苏南国家自主创新示范区建设。深入实施高校哲学社会科学繁荣计划，大力推进高校新型智库建设。到2020年，建设一批省内外有重大影响的高校哲学社会科学研究基地和高水平智库。
　　加强基础设施建设。适应高等教育内涵发展、转型发展要求，加强高校基础设施建设。完善校园整体规划，对照各类高校相应建设标准，梳理存量、测算增量，合理确定“十三五”基本建设项目。强化对不同层次和类别高校基本建设项目设置的分类指导和管理。对于学科基础较好、办学特色明显、发展需求旺盛的综合性大学、部分本科院校，着重支持重点学科用房、专业重点实验室和实验楼等建设；对于一般应用型本科高校、高职院校，重点支持实验、实训用房建设。支持有多个校区的学校，合理确定各校区功能定位，调整完善校园总体规划。对老旧校舍进行合理改造，完善提升校园功能和校园环境。严格控制债务风险，提高基本建设经费的使用效益。支持高校通过挖潜盘活存量资源、广泛吸纳社会资金等渠道筹措资金，确保建设需要。进一步规范和加强高校国有资产管理，确保国有资产安全完整和保值增值。